Organella o owalnym kształcie i średnicy 0,2-1,7 μm, występujące we wszystkich komórkach eukariotycznych. Dawniej razem z glioksysomami określane były nazwą mikrociała. Szczególny typ peroksysomów, występujący tylko w komórkach roślinnych stanowią glioksysomy. Peroksysomy otoczone są pojedynczą błoną. Wewnątrz występują włókienkowate oraz amorficzne inkluzje określane jako nukleoid lub krystaloid. Funkcja peroksysomów jest uzależniona od rodzaju komórki w której się znajdują. Peroksysomy liściowe uczestniczą w szlaku metabolicznym nazwanym fotooddychaniem. Glioksysomy występują w komórkach bielma i warstwie aleuronowej oraz liścieniach nasion oleistych. Zawierają enzymy pozwalające na przeprowadzenie β-oksydacji i cyklu glioksylanowego. Szlaki metaboliczne zachodzące w glioksysomach umożliwiają przekształcenie lipidów w cukry – glukoneogenezę. Trzeci typ to peroksysomy brodawek korzeniowych zapewniające wytwarzanie ureidów, będących forma transportową azotu. Wyróżniane są także peroksysomy niewyspecjalizowane występujące w innych tkankach niż dotychczas wymieniono.